台灣目前僅有部分縣市針對貨櫃屋設計作為臨時建築物有明文列入法規規範，加上貨櫃屬於動產的本質，使得管理上有不少灰色地帶。貨櫃屋改裝當貨櫃作為住宅用途，即相當於一般建築物，可適用「都市計劃法」、「區域計劃法」、「建築法及消防法」等，需要申請建築執照與使用執照。

貨櫃屋住宅申請流程如下：

1.釐清土地使用的分區規範（可上全國土地使用分區資料查詢系統網站查詢）

2.確認土地邊界權利範圍

3.申請臨時水電與合法建照

4.進行施工計畫審查與申請使用執照

5.申請門牌地址、將臨時水電轉為正式水電